陈勋博士，感染免疫组学与人工智能研究组组长、博士生导师。2014年博士毕业于华中农业大学。2014-2019年在美国佛蒙特大学医学院进行博士后工作，并开始从事人类基因组学和病毒组学研究。2020年-2024年在日本京都大学医学部工作，先后任特任研究员和助理教授职位。2024年4月回国工作，加入中国科学院上海免疫与感染研究所。近年来共发表研究论文20余篇，其中以第一作者或通讯作者在Cell Genomics，Genome Research，Briefings in Bioinformatics，Bioinformatics，Genomics，Journal of Medical Virology等国际一流期刊上发表论文11篇（9篇为唯一一作）。以共同作者在Nature Genetics，Cell Genomics和Bioinformatics等杂志上发表论文12篇。独立和参与开发了VIcaller、ERVcaller、VirusPredictor和BarcodeAsm等生物信息学方法和软件，研究人体内的已知病毒、未知病毒、整合入人基因组中的致癌病毒和内源性逆转录病毒等。曾获日本学术振兴会基金KAHENHI和京都大学ASHBi融合研究基金项目资助。

近五年内部分代表研究论文（#第一作者，*通讯作者）：

1. Chen X#*, Zhang JC, Yan YZ, Bourque G*, Inoue F*: Cryptic endogenous retroviruses subfamilies in the primate lineage. BioRxiv. 2024, Under revision with Nature Communications (https://doi.org/10.1101/2023.12.07.570592)

2. Ren H#*, Chen X#*, Wang J#, Chen Y, Gandhi S, Bueker A, Tu L, Xiao Q, Fu S, Madireddy A, Li WW, Cao J*: Temporal and structural patterns of hepatitis B virus insertions in hepatocellular carcinoma. Journal of Medical Virology. 2023 Oct;95:e29187 (https://doi.org/10.1002/jmv.29187)

3. Chen X#, Pacis A, Aracena A, Gona S, Kwan T, Groza C, Lin YL, Sindeaux R, Yotova V, Pramatarova A, Simon MM, Pastinen T, Barreiro L, Bourque G*: Transposable elements are associated with the variable response to influenza infection. Cell Genomics. 2023 May;3(5):100292 (https://doi.org/10.1016/j.xgen.2023.100292) 

4. Mathkar PP#, Chen X*, Sulovari A, and Li D*: Characterization of hepatitis B virus integrations identified in hepatocellular carcinoma genomes. Viruses. 2021 Jan;13(2):245 (https://doi.org/10.3390/v13020245)

5. Chen X#, Li D*: Sequencing facility and DNA source associated patterns of virus-mappable reads in whole-genome sequencing data. Genomics. 2021 Jan;113:1189-1198 (https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.12.004)

6. Chen X#, Kost J, Sulovari A, Wong N, Liang WS, Cao J, and Li D*: A virome-wide clonal integration analysis platform for discovering cancer viral etiologies. Genome Research. 2019 May;29(5):819-830 (https://genome.cshlp.org/content/29/5/819)

7. Chen X#, Li D*: ERVcaller: Identifying polymorphic endogenous retrovirus and other transposable element insertions using whole-genome sequencing data. Bioinformatics. 2019 Oct;35(20):3913-3922 (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz205)

8. Chen X#, Kost J, Li D*: Comprehensive comparative analysis of methods and software for identifying viral integrations. Briefings in Bioinformatics. 2019 Nov 27; 20(6):2088-2097 (https://doi.org/10.1093/bib/bby070)

人体内的病毒组复杂、多样，且与多种人类疾病紧密相关。病毒组学一直是领域内研究的重点。一方面，流感病毒的感染导致了季节性的流行性感染且在个体间存在显著差异，而致癌病毒的感染则是多种癌症发生的直接原因，且它们中的绝大多数都能将其遗传物质整合到人基因组中；另一方面，人基因组中来自祖先病毒感染的内源性逆转录病毒等转座子重复序列元件，则通过其扩散且富集的转录因子结合位点，参与并在进化过程中重塑了免疫相关转录调控网络。因此内源性逆转录病毒等转座子元件在癌症、感染和免疫相关疾病中发挥重要的作用。

    课题组致力于开发新型多组学测序技术、机器学习与生物信息学算法，研究感染和免疫相关疾病的发病机理和个体差异，指导开发预防和个性化、精准治疗相关疾病的疫苗和药物。课题组将重点开展以下几方面工作：

1. 人体内病毒组，新致癌病毒的发掘及其导致癌症的分子机制

2. 内源性逆转录病毒和相关锌指蛋白在免疫应答中的作用和机制

3. 免疫系统进化，个体免疫差异和免疫力定量

4. 肿瘤、病原体感染和免疫疾病的多组学研究